Selepas pensiun sosoknya pun masih tidak bisa lepas dari Arema dan Persebaya Surabaya. Dia sempat menjadi pelatih kedua tim dan sama-sama menyumbangkan prestasi untuk keduanya.
Aji Santoso kembali ke Bhumi Arema pada tahun 2017. Ditangannya Arema FC berhasil menjuarai kompetisi pra musim paling bergengsi yakni Piala Presiden 2017.
Sayangnya dia hanya mampu bertahan kurang dari satu musim mengarungi Liga 1 2017 kemudian pindah ke Persela Lamongan.
Sementara di Persebaya Surabaya, Aji Santoso tercatat tiga kali putus nyambung.
Pertama kali dia menjadi pelatih Persebaya Surabaya pada musim 2009 namun tak bertahan lama.
Pada tahun 2010, dia kemudian kembali ke Kota Pahlawan. Saat itu, dia membantu Persebaya Surabaya 1927 yang berjuang di Liga Primer Indonesia.
Ddia berhasil membawa Persebaya 1927 memuncaki klasemen sebelum kompetisi harus dihentikan tengah musim. Penghentian kompetisi itu otomatis menjadikan Persebaya 1927 menjadi juara.
Aji Santoso kembali untuk ketiga kalinya pada musim 2019. Kali ini, dia menjadi sosok penyelamat yang mengangkat Persebaya Surabaya dari papan bawah hingga finish sebagai runner-up Liga 1 2019.
Pada tahun 2020, Aji Santoso bertahan dan berhasil mempersembahkan Piala Gubernur Jatim 2020. Ini menjadi trofi pertama yang disumbangkan untuk Bajul Ijo semenjak jadi pelatih Persebaya Surabaya.
Kini, dia masih setia melatih Persebaya di Liga 1 2021-2022. Cerita panjangnya bersama kedua tim membuatnya ikut mendapatkan perhatian dalam duel antar seteru abadi ini.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.