Setelah sepak bola profesional Indonesia mengharamkan kucuran dana Anggaran Pendapatan Belanja Daerah (APBD) pada 2011, banyak klub yang terpukul dengan peraturan tersebut, tidak terkecuali Persija.
Masalah keterlambatan gaji pada akhirnya turut menghinggapi klub Ibu Kota, para pemain pun gerah dengan situasi tersebut.
Bepe termasuk sosok yang vokal menyuarakan masalah utang gaji kepada para pemain. Ia beberapa kali menyuarakan hal tersebut melalui media sosial pribadinya serta melalui media.
Pada akhir 2012, Bepe mengambil tindakan kontroversial dengan bergabung ke timnas Indonesia untuk Piala AFF 2012. Saat itu, para pemain klub-klub Indonesia Super League (ISL) dilarang bergabung ke tim nasional bentukan PSSI.
Langkah Bepe tersebut semakin memanaskan hubungannya dengan manajemen Persija. Puncaknya pada akhir 2013, Bepe memutuskan teken kontrak dengan klub dari kota seberang, Pelita Bandung Raya (PBR).
Baca juga: Janji Anies Baswedan Untuk Bambang Pamungkas Seusai Pensiun
Pada pengujung 2014, Bepe resmi kembali ke "rumahnya" Persija. Tetapi meski masih tetap diandalkan, sedikit demi sedikit peran pemain yang identik dengan nomor 20 itu di lapangan mulai dikurangi.
Hingga pada musim 2018, praktis ia lebih banyak tampil sebagai pemain pengganti.
Namun, pada musim lalu juga Persija mengakhiri puasa gelar juara Liga Indonesia mereka. Bepe tercatat sebagai satu-satunya pemain yang turut membawa Macan Kemayoran menjuarai Liga Indonesia pada 2001, dan kembali merebut gelar yang sama 17 tahun kemudian.
Dari perjalanannya bersama Persija, 200 gol sudah dia sumbangkan untuk Macan Kemayoran.
Sayangnya, musim ini, Bepe belum bisa membuat satu gol pun. Terakhir dia mencetak gol pada 8 Juni 2018.
Tepatnya, saat Persija menghajar habis-habisan PS Tira Persikabo dengan skor 5 gol tanpa balas di Stadion Sultan Agung, Bantul.
Perjalanan karier Bambang Pamungkas di Persija Jakarta:
Persija Jakarta: 1999 - 2000
Persija Jakarta: 2000 - 2005
Persija Jakarta: 2007 - 2012
Persija jakarta: 2015 - 2019
Prestasi Individu:
Pencetak Gol Terbanyak Liga Indonesia (2000)
Pemain Terbaik Indonesia versi Media GO (2000)
Pemain Terbaik Liga indonesia (2001)
Pemain Terbaik Indonesia versi ANTV (2003)
Pemain Terbaik Copa Djie Sam Soe (2007)
Striker Terbaik Copa Djie Sam Soe (2007)
Duet Terbaik Copa Djie Sam Soe (2007)
Sepuluh besar (No:5) pemain terbaik Asia 2012 versi ESPN
Trofi bersama Persija Jakarta:
Juara Liga Indonesia 2001
Juara Piala Presiden 2018
Juara Liga Indonesia 2018