Pada musim ketiganya, Mourinho mendatangkan Andriy Shevchenko, juara Liga Champions bersama AC Milan, serta Ashley Cole dan Michael Ballack, finalis kompetisi yang sama bersama Arsenal dan Leverkusen. Geliat transfer ini menunjukkan hasrat "The Special One" untuk memenuhi ambisi Abramovich melihat Chelsea sebagai juara Eropa. Akan tetapi, harapan itu harus pupus di tengah jalan.
"The Blues" kembali tersingkir oleh Liverpool pada babak semifinal serta gagal mempertahankan hegemoninya di liga akibat keberhasilan MU menjadi juara dengan keunggulan enam poin di atas mereka. Mereka memang tetap bisa membawa pulang trofi Piala Liga dan Piala FA ke Stamford Bridge, tetapi Abramovich tampaknya mulai kehilangan kesabaran.
Mourinho mengawali musim 2007/2008 dengan hasil yang kurang memuaskan. John Terry dkk harus menelan kekalahan dari Aston Villa serta dua kali bermain imbang melawan Blackburn Rovers dan Rosenborg. Setelah beberapa saat, para petinggi Chelsea memutuskan untuk mengakhiri ikatan kerja sama mereka dengan Mourinho. Sebuah akhir yang tak mengenakkan bagi manajer tersukses sepanjang sejarah Chelsea itu.
Setelah menganggur selama hampir satu musim, Mourinho menampik tawaran menjadi manajer timnas Inggris dan menerima jabatan sebagai suksesor Roberto Mancini di Inter Milan. Ia segera merekrut Ricardo Quaresma, Amantino Mancini, dan Sulley Muntari untuk memperkuat timnya di tengah dan sisi sayap. Sayangnya Quaresma dan Mancini gagal bersinar dan lebih sering menjadi penghangat bangku cadangan sepanjang musim. Quaresma bahkan sempat dipinjamkan ke Chelsea dengan tujuan untuk mengembalikan performanya. Akan tetapi, ia tetap tampil melempem.
Musim pertama, Mourinho sukses melaluinya dengan meraih Piala Super Italia dan menjuarai Serie A. Lalu seperti layaknya tim-tim yang ditangani Mourinho sebelumnya, mereka punya kebiasaan untuk mencapai puncak performa pada musim kedua bersama mantan asisten Sir Bobby Robson itu. Setelah beradaptasi dan memperkuat fondasi tim pada musim pertama, musim kedua adalah saatnya unjuk gigi.
Hal itu didukung kedatangan pemain-pemain baru yang sukses menjadi tumpuan Inter di berbagai lini, seperti Lucio di belakang, Wesley Sneijder di tengah, serta Samuel Eto’o dan Diego Milito di depan. Terbukti, Inter sukses menjadi tim Italia pertama yang meraih treble winner dengan menjadi yang terbaik di tiga ajang berbeda, Serie A, Piala Italia, dan Liga Champions. Mourinho pun berubah dari sosok antagonis paling dibenci, menjadi protagonis yang dipuja berbagai media Italia.
Kesuksesan yang didapat tidak menghalangi Mourinho untuk menerima pinangan raksasa Spanyol, Real Madrid. Hubungannya yang kurang harmonis dengan media dan beberapa pelatih klub Italia juga menjadi pemicu terjadinya transfer ini. Selain itu, Spanyol adalah satu-satunya negara dengan kompetisi liga terbaik di Eropa yang belum ditaklukkan Mourinho. Kesempatan untuk membesut "Los Blancos" tentu tidak ia tolak begitu saja.
Seperti biasa, Mourinho menatap musim pertama dengan membentuk fondasi dengan mendatangkan pemain-pemain yang dirasa tepat bagi kebutuhan tim. Duo Jerman Mesut Oezil-Sami Khedira, pemain sayap asal Argentina Angel Di Maria, serta eks anak asuhnya di Porto dan Chelsea, Ricardo Carvalho, ia labuhkan di Santiago Bernabeu. Dengan berpusat pada Cristiano Ronaldo, Oezil dan Di Maria di lini serangnya, Madrid menjadi tim tersubur di Liga Spanyol musim 2009/2010. Mereka sukses mencetak 102 gol, lebih banyak tujuh gol dari sang juara Barcelona.
Madrid juga berhasil memecundangi Barcelona pada final Piala Raja melalui gol tunggal Ronaldo di laga yang berlangsung sengit dan keras. Akan tetapi, mereka mendapatkan nasib yang berbanding terbalik saat berhadapan dengan Barcelona di liga dan dan Liga Champions. Mereka harus kalah 0-5 oleh tim besutan Pep Guardiola itu di liga, dan tersingkir di babak semifinal Liga Champions oleh lawan yang sama. Barcelona pun menjadi pemuncak klasemen akhir La Liga dengan keunggulan empat poin atas Madrid sebagai runner-up.
Mourinho kali ini benar-benar diajak berpikir keras untuk menemukan cara mengalahkan Barcelona pada musim depan. Akan tetapi, bek andalan Madrid, Carvalho, mengungkapkan optimismenya. "Ia selalu ingin berkembang, dari hari pertama dan setiap hari," kata mantan bek Porto itu. "Bersamanya, Anda selalu belajar setiap hari; tahun keduanya lebih baik dari yang pertama karena pemain saling mengenal satu sama lain dengan lebih baik, dan itu sudah terjadi di Porto dan Chelsea."