Merespons situasi itu, Alex Ferguson kemudian menarik Rooney dan menggantikannya dengan John O'Shea. Selain untuk menjaga soliditas lini belakang, perubahan ini juga untuk mengurangi risiko menjadi lebih parahnya cedera Rooney.
Sebagai konsekuensinya, daya gempur MU melorot. Selain terkurung, MU juga nyaris beberapa kali kebobolan. Pada menit ke-59, misalnya, Ribery melepaskan tendangan voli, tetapi digagalkan Van der Sar.
Empat menit berselang, Bayern sempat dikejutkan dengan serangan balik MU. Memanfaatkan umpan terobosan Evra, Nani menggiring bola masuk ke kotak penalti dan melepaskan tendangan keras tepat ke gawang. Sayang, tendangannya masih bisa ditepis Butt.
Namun, setelah itu, MU kembali terdesak dan berada di bawah ancaman kebobolan. MU mencoba bertahan sekuat tenaga. Namun, pada menit ke-75, Van der Sar gagal menyelamatkan gawangnya dari tembakan Arjen Robben. Memanfaatkan sepak pojok Ribery, Robben melepaskan tendangan keras yang bersarang di sudut kanan bawah gawang MU.
Dengan keadaan unggul 3-2, MU terancam tersingkir. Alex Ferguson pun terpaksa menambah daya gedor dengan memasukkan Dimitar Berbatov menggantikan Michael Carrick pada menit ke-80. Semenit kemudian, Ryan Giggs dimainkan menggantikan Gibson.
Perubahan ini cukup menambah daya hidup MU. Namun, Bayern yang tak mau kehilangan tiket ke semifinal berhasil mempertahankan kedudukan 2-3 hingga akhir. Di babak semifinal, Bayern akan bertemu Lyon.
Sepanjang pertandingan, MU membukukan penguasaan bola sebesar 39 persen dan melepaskan enam tembakan tepat ke gawang dari 17 usaha. Sementara itu, Bayern berhasil menciptakan tujuh peluang emas dari 13 percobaan.
Susunan pemain
MU: 1-Edwin van der Sar; 3-Patrice Evra, 15-Nemanja Vidic, 5-Rio Ferdinand, 21-Rafael; 28-Darron Gibson (11-Ryan Giggs 81), 16-Michael Carrick (9-Dimitar Berbatov 80), 24-Darren Fletcher; 10-Wayne Rooney (22-John O'Shea 55), 17-Nani, 25-Antonio Valencia
Bayern: 22-Jorg Butt; 28-Holger Badstuder, 6-Martin Gaston Demichelis, 5-Daniel van Buyten, 21-Philipp Lahm; 7-Franck Ribery, 31-Bastian Schweinsteiger, 17-Mark van Bommel, 10-Arjen Robben (8-Hamit Altintop 76); 11-Ivica Olic (23 Danijel Pranjic 85), 25-Thomas Mueller (33-Mario Gomez 46)