Nagelsmann melakukan pergantian pada setengah jam laga dengan memasukkan penyerang 17 tahun Mathys Tel untuk Mueller.
Gol keempat datang pada menit ke-35. Goretzka kembali jadi momok bagi barisan belakang Plzen.
Memanfaatkan umpan terobosan Mane, ia mencungkil bola melewati kiper lawan.
Babak pertama berakhir dengan keunggulan masif Bayern 4-0.
BABAK KEDUA
Unggul empat gol, Nagelsmann punya kesempatan untuk mengistirahatkan Kingsley Coman setelah turun minum.
Ia juga menarik keluar Goretzka pada menit ke-56 dan memainkan Ryan Gravenberch.
Plzen akhirnya berhasil mencetak gol pada satu jam laga. Adam Vikanova menaklukkan Ulreich dengan tembakan derasnya.
Ini adalah pertama kali Bayern kebobolan di Liga Champions musim ini.
Tuan rumah sempat menambah satu gol lagi lewat Kliment, yang memainkan laga pertamanya di fase grup ini, pada menit ke-75.
PLZEN vs BAYERN 2-4 (Vlkanova 62', Kliment 75'/Mane 10', Mueller 14', Goretzka 25', 35')
BAYERN (4-2-3-1): 26-Ulreich;40-Mazraoi, 5-Pavard, 2-Upamecano, 44-Stansic; 6-Kimmich, 8-Goretzka (38-Gravenberch 56'); 11-Coman (13-Choupo-Moting 46'), 10-Sane (18-Sabitzer 70'), 17-Mane; 25-Mueller (39-Tel 38').
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.