Setelah itu, masih banyak transfer penting yang dilakukan Moggi seperti pembelian Gianluca Zambrotta pada 1999/2000, Trezeguet pada 2000/2001, trio Gianluigi Buffon, Pavel Nedved dan Lilian Thuram pada 2001/2002, serta Mauro Camoranesi pada 2002/2003. Kedatangan para pemain itu membuat para suporter bisa segera melupakan kepergian Zidane ke Real Madrid atau Inzaghi ke Milan.
Thuram adalah juara Eropa dan Dunia bersama Perancis. Sementara itu, Zambrotta, Camoranesi dan Buffon, menjadi pilihan pertama di tim utama Juventus selama bertahun-tahun lamanya dan menjadi tumpuan tim Italia ketika menjuarai Piala Dunia 2006 di Jerman. Nedved bahkan meraih penghargaan Ballon d’Or pada 2003 yang menobatkan dirinya sebagai pemain terbaik Eropa saat itu.
Salah satu kisah uniknya adalah saat ia berhasil mengecoh pemandu bakat Inter untuk membeli pemain yang salah. "Pada tahun 1999 saya mengintai pemain Marseille dan saya menyadari pemandu bakat Inter juga berada di sana untuk mengincar pemain yang sama, lalu saya membuat mereka salah arah. Secara sengaja saya mengeraskan suara saya, memuji penampilan Cyril Domoraud agar mereka dengar. Tak selang satu minggu, Inter dihubungkan media dengan pemain itu, dan berakhir dengan benar-benar membelinya, dan apa yang terjadi, Cyril tetaplah pemain kelas semenjana," tutur Moggi suatu hari.
Musim 2004/2005 dan 2005/2006, Moggi kembali beraksi dengan memboyong Emerson, Fabio Cannavaro, Zlatan Ibrahimovic dan Patrick Vieira. Kedatangan mereka dan pelatih Fabio Capello berhasil membuat Juventus saat itu dijuluki sebagai "The Dream Team".
Jonathan Zebina, Zambrotta, Thuram, Cannavaro dan Buffon sukses membuat para penyerang lawan mati kutu akibat rapatnya lini pertahanan yang mereka bentuk. Lalu Emerson, Vieira, Nedved dan Camoranesi selalu bisa mendominasi lini tengah, mencetak gol dan mencari 1.001 cara untuk melayani para penyerang dengan umpan-umpan matang. Duet penyerang Ibra-Trezeguet bahkan harus memaksa ikon klub, Del Piero, untuk senantiasa duduk di bangku cadangan.
Susunan tim yang luar biasa berhasil membawa raihan berupa dua gelar Serie-A secara beruntun di musim 2004/2005 dan 2005/2006. Sayangnya, dua gelar itu harus dicopot di kemudian hari karena Juventus terbukti bersalah dan terlibat dalam kasus pengaturan skor yang disebut calciopoli. Moggi menjadi dalang utama di balik kasus tersebut dan dilarang terlibat kembali dalam seluruh aktivitas sepak bola untuk selamanya. Juventus harus rela didegradasi ke Serie-B untuk pertama kalinya dalam sejarah mereka, dan kisah kelam mereka pun dimulai di sini.
Juventus pasca-calciopoli
Alessio Secco, bawahan Moggi sebelumnya, naik jabatan menjadi Direktur Olahraga Juventus menggantikan sang guru transfer pada 23 Mei 2006. Musim 2006/2007, eksodus pemain terjadi di Juventus karena mereka tak mau ikut berjuang bersama tim tersebut di kompetisi kasta dua, Serie-B. Ibrahimovic dan Vieira pindah ke Inter, Emerson dan Cannavaro hijrah ke Madrid, Zambrotta dan Thuram berlabuh di Barcelona serta Manuele Blasi dan Adrian Mutu bergabung dengan Fiorentina.
Untungnya, beberapa ikon klub semacam Del Piero, Buffon, Nedved dan Trezeguet, memutuskan untuk tinggal dan menunjukkan loyalitasnya pada "Si Nyonya Tua". Bersama beberapa pemain berpengalaman tersebut, Juventus memaksimalkan potensi para pemain mudanya serta mendatangkan para pemain yang dianggap tepat untuk tim. Setidaknya dianggap tepat oleh Secco saat itu.
Di tahun pertamanya, Secco mendatangkan bek Jean-Alain Boumsong, Penyerang Valeri Bojinov serta gelandang kawakan Cristiano Zanetti. Ia juga memanggil serta membeli kembali para pemain yang pernah membela Juventus sebelumnya seperti Igor Tudor, Nicola Legrottaglie, Marco Marchionni, Raffaele Paladino dan Tomas Guzman. Saat itu suporter memang tak bisa menuntut banyak karena maklum dengan kondisi serba salah tim yang sulit untuk meyakinkan pemain muda potensial atau bernama besar untuk datang ke Juventus.