Setelah tidak ada pramusim pada 2016, Borneo FC membuat kejutan di Piala Presiden 2017.
Langkah awal cukup berat, mereka tergabung di grup neraka bersama Sriwijaya FC, Barito Putera, dan Bali United. Ketiga klub tersebut dikenal memiliki komposisi pemain kelas wahid.
Dipimpin pelatih Ricky Nelson, Borneo FC berhasil lolos sebagai juara grup dengan susah payah setelah mengemas satu kemenangan dan dua hasil seri.
Di babak perempat final, Lerby Eliandry CS lolos dramatis setelah menang 5-4 atas Madura United lewat adu penalti.
Di semifinal, mereka kembali terlibat drama adu penalti melawan Persib Bandung setelah pertandingan berakhir dengan agregat 3-3.
Dewi Fortuna menyertai Borneo FC setelah Kim Kurniawan gagal mengeksekusi tendangan penalti keempat.
Sayang, partai final berakhir antiklimaks bagi Borneo FC. Setelah perjuangan dari fase grup mereka justru dicukur gundul Arema FC dengan skor telak 1-5.
Pada pagelaran Piala Presiden 2018, Borneo FC membuat keputusan tidak biasa dengan menurunkan pemain-pemain mudanya.
Saat itu, nyaris 50 persen pemain yang dibawa adalah pemain muda dan pemain promosi akademi.
Pelatih Ponaryo Astaman sendiri baru saja pensiun dan menukangi Borneo FC di ajang tersebut.
Presiden klub Nabil Husein menegaskan memang sengaja menurunkan pemain kelas duanya untuk memberikan jam terbang.
Selain itu, klub juga harus membagi kekuatan karena menghadapi Piala Gubernur Kaltim pada waktu hampir bersamaan.
Tim utama Borneo FC yang masih di bawah asuhan Iwan Setiawan turun di ajang tersebut.