Dia unggul atas Nakagami yang kini terpaut 0,571 detik.
Sementara itu, Rins masih tertahan di urutan ketiga dengan selisih 0,793 detik dari Crutchlow.
Nakagami kembali menggebrak saat Q1 menyisakan 2 menit lagi.
Dia membukukan waktu lap 1 menit 46,998 detik untuk menjadi yang tercepat pada Q1.
Namun, selang 1 menit kemudian, Crutchlow kembali mempertajam catatan waktu lapnya menjadi 1 menit 46,825 detik.
Dia kini unggul 0,173 detik atas Nakagami. Adapun Rins masih di urutan ketiga dengan 0,465 detik lebih lambat.
It's @Rins42 vs the two @lcr_team riders! ??
Who will make Q2? ????#JapaneseGP ???????? pic.twitter.com/6OlKAIxeT2
— MotoGP™ ???????? (@MotoGP) October 19, 2019
Kejutan besar kemudian terjadi saat Rins menjalani kesempatan putaran terakhirnya.
Pebalap Spanyol itu berhasil memperbaiki catatan waktu lapnya dan menempati posisi kedua.
Rins pun berhak mengikuti Q2 bersama Crutchlow yang juga merevisi catatan waktu putarannya menjadi 1 menit 46,695 detik.
Rider Inggris ini unggul 0,269 detik atas Rins.
Sementara itu, Nakagami yang terpaut 0,303 detik dari Crutchlow terpaksa puas menempati posisi start ke-11 karena hanya bisa berada di urutan ketiga pada Q1 dan gagal menembus Q2.
Sesi Q2 berjalan tak kalah seru. Marc Marquez, yang mengusung misi mempersembahkan gelar juara dunia tim dan konstruktor bagi Honda pada balapan kandang, tampil panas sejak awal sesi.
Dia membukukan catatan waktu lap 1 menit 45,923 detik untuk menjadi pembalap tercepat.
Baca juga: Jadwal Timnas Indonesia di Piala AFF Futsal 2019, Laga Perdana Lawan Malaysia
Marquez kembali menunjukkan kecepatannya ketika dia berhasil merevisi catatan waktu putarannya menjadi 1 menit 45,794 detik.
Sementara itu, posisi kedua dan ketiga bergantian diisi oleh dua pembalap tim satelit, Fabio Quartararo (Petronas Yamaha SRT) dan Jack Miller (Pramac Racing).