Memasuki babak kedua, laga berjalan lebih seimbang.
Kedua tim silih berganti melancarkan serangan ke pertahanan lawan masing-masing.
Baca juga: Persipura Vs PSM, Gol Ezra Walian Tak Bisa Selamatkan Juku Eja
Namun, hingga menit ke-60, penyelesaian akhir masih menjadi kendala kedua tim.
Serangan-serangan yang dilakukan tak satu pun membuahkan hasil.
Setelah berkali-kali mendapat peluang, Borneo Fc akhirnya bisa memecah kebuntuan pada menit ke-66.
Sepakan setengah voli Renan Silva dibelokkan Lerby Eliandry lewat sundulan.
Bola pun meluncur masuk ke gawang Persija dan tidak mampu ditahan Andritany
Skor sementara berubah menjadi 1-0 untuk keunggulan tuan rumah, Borneo FC.
Persija yang tertinggal satu gol mencoba merespon dengan memasukkan, Rahmad Hidayat, yang merupakan pemain bertipe menyerang.
Baca juga: VIDEO - Cuplikan Pertandingan Persipura Jayapura Vs PSM Makassar
Masuknya Rahmad Hidayat ternyata tidak memberikan dampak yang siginfikan.
Hingga menit ke-80, Persija masih kesulitan mencetak gol, meski peluang yang dihasilkan cukup banyak.
Pada menit ke-84, laga sempat dihentikan lantaran salah gelandang Borneo FC, Wahyudi Hamisi, yang baru masuk menggantikan Sultan Samma, mengalami luka.
Dia harus ditandu keluar lapangan.
Wahyudi tampak tidak bisa melanjutkan permainan, tetapi Borneo FC sudah tidak bisa melakukan pergantian pemain.
Alhasil, sejak menit ke-85, Borneo FC bermain dengan 10 orang pemain.