Di final, Indonesia berhadapan dengan Malaysia yang berhasil menyingkirkan Vietnam.
Seperti pada 2004, lagi-lagi timnas tampil anti-klimaks di final. Pada leg pertama, tim asuhan Alfred Riedl harus takluk 0-3 dari Harimau Malaya.
Pada leg kedua, kemenangan 2-1 tak cukup menyelamatkan Indonesia dari kegagalan meraih juara. Untuk kali keempat Indonesia harus jadi runner-up.
5. Piala AFF 2016
Indonesia mengikuti Piala AFF 2016 setelah sempat menjalani sanksi FIFA akibat pembekuan PSSI oleh pemerintah.
Pada turnamen edisi ke-11 ini, timnas memulainya dengan kekalahan 2-4 dari Thailand pada laga pertama penyisihan Grup A di Filipina. Setelah sempat bermain imbang 2-2 dengan Filipina dalam laga kedua, Stefano Lilipaly cs dapat lolos ke semifinal setelah menang 2-1 atas Singapura dalam laga terakhir.
Untuk pertama kalinya dalam sejarah Piala AFF, Indonesia tidak menggunakan SUGBK sebagai kandang di semifinal karena stadion itu direnovasi untuk Asian Games 2018.
Ini membuat Indonesia memilih menggunakan Stadion Pakansari, Cibinong.
Pada laga semifinal yang berlangsung dua leg, Indonesia berhasil menyingkirkan Vietnam dengan keuggulan agregat 4-3.
Di final, Indonesia harus berhadapan kembali dengan Thailand. Sempat menang 2-1 pada leg pertama, Indonesia harus mengakui keunggulan Thailand 2-0 pada leg kedua.
Untuk kelima kali, tim Garuda harus mengubur impian menjadi juara Piala AFF. Raihan lima kali runner-up Indonesia ini sama dengan raihan juara yang ditorehkan Thailand.