Setelah pensiun, dia kembali ke Santiago Bernabeu pada Juni 2009. Dia sempat menjajal lima jabatan, yaitu penasihat tim utama, direktur olahraga, pelatih Real Madrid junior, asisten pelatih tim utama, dan pelatih Real Madrid B.
"Zidane memahami bagaimana cara memimpin Madrid lebih dari yang lain. Dia mengetahui bagaimana rumitnya bangku cadangan Madrid, para pemain, dan pernah menjadi asisten saat kami memenangi Liga Champions kesepuluh," kata Perez.
"Tak diragukan, Zidane merupakan salah satu figur terhebat dalam sejarah sepak bola. Bagi dia, tak ada yang mustahil," tuturnya.
Dengan begitu, Zidane menjadi pelatih pertama Madrid yang berasal dari Perancis. Dia juga tercatat sebagai pelatih termuda Los Blancos dalam sepuluh tahun terakhir.
Zidane bukanlah sosok pertama yang berkarier untuk Madrid baik sebagai pemain maupun pelatih. Sebelumnya, ada Garcia Remon, Camacho, Del Bosque, Valdano, Alfredo Di Stefano, Molowny, Amancio, Miguel Munoz.